Вработените во ЈП Водовод и канализација-Скопје доброволно членуваат во Основната организација на Синдикатот на работниците од ЈП Водовод и канализација-Скопје. 
Основната функција и задача на Основната организација на Синдикатот на работниците од ЈП Водовод и канализација-Скопје е заштита и унапредување на правата на работниците што ги остваруваат преку: застапување, претставување, заштита и унапредување на економските, социјалните и другите права кои произлегуваат од Законот за јавни службеници, Законот за работни односи, Општиот Колективен договор, посебниот Колективен договор за комунални дејности на РМ на ниво на гранка и поединечниот Колективен договор на ниво на Претпријатието, во кој се утврдени правата, обврските и одговорностите од работниот однос.
Најзначајни активности  кои ги презема Основната организација на Синдикатот се покрај потпишувањето на Колективниот договор помеѓу претседателот на Основната синдикална организација и претседателот на Управниот одбор на ЈП Водовод и канализација-Скопје се следниве:
- Утврдување на политиката на колективно договарање;
- Одобрување на условите за работа, животната средина и здравјето на работниците; 
- Заштита при работа и заштита на правата на работниците стекнати врз основа на правото на работа;
- Материјално помагање на работниците  и
- Остварување на други заеднички интереси на работниците и на претпријатието во целина. 

Од членовите на Синдикатот на тајни избори се избираат членови на највисокиот орган, а тоа е Извршниот одбор и истиот го сочинуваат:

СТОЈАНЧЕ КАШИКОВСКИ - Претседател      

КОСТА СТАВРОВ
ЏАБИР ПАЛОШИ
САШО ДИМКОВСКИ
ЈАХИР ХАЈДАРИ
ВЛАТКО БОГЕВСКИ
ЈОРДАН ТРПЕВСКИ
ТОНИ ДИМОВСКИ
СТРАШО НАСТОВ
ДАРКО МИЦЕВСКИ
МИХАЈЛО СПАСОВСКИ
АТАНАС ФИЛИПОВСКИ
ТОНИ МИНОВСКИ
БЕЈТО АСАНИ

Основата организација на Синдикатот на работниците од ЈП Водовод и канализација-Скопје има претседател кој има право да учествува на состаноците на Колегиумот и на седниците на Управниот одбор на ЈП Водовод и канализација-Скопје. 
Во рамките на Извршниот одбор на основната организација на Синдикатот, постои комисија за доделување на парични средства за финансиска помош на работниците од ЈП Водовод и канализација-Скопје.
Синдикалната организација им овозможува на работниците купување на производи за домаќинство, училишен материјал и други работи на одложено плаќање, управува со одмаралиштата на ЈП Водовод и канализација-Скопје во Претор и Дојран и го организира учеството на работниците од ЈП Водовод и канализација-Скопје на работничко-спортските игри односно на Комуналијада.