Секторот Канализација го следи и унапредува развојот и го одржува изградениот фекален и амосферски канализационен систем на подрачјето на Град Скопје со своите 10 општини како и во населбата Припор и општина Сопиште.
Изграденоста на фекалната канализација на територија на Град Скопје изнесува 764,048км.
Изграденоста на атмосферската канализација на територија на Град Скопје изнесува 319,543 км.
Вкупно канализационата мрежа изнесува 1083,591 км.
Во Канализациониот систем постојат 48 894 ревизиони шахти, кои служат за контрола и одржување на самата канализациона мрежа и 20 157 сливници кои служат за прифаќање на атмосферските води.
Секторот Канализација врши одводнување и пречистување на отпадните и атмосферските води , тековно и инвестиционо одржување на:
Фекалниот канализационен систем со должина L=764 км. со кои се одводнуваат отпадните води од домаќинствата, индустријата и другите претпријатија и јавни установи, за чие прифаќање изградени се 5 (пет) Фекални пумпни станици и тоа: ФПС Maџари со капацитет од 550 литри/во секунда; ФПС Ново Лисиче со капацитет од 860 литри/во секунда; ФПС Старо Лисиче со капацитет од 180 литри/во секунда; ФПС 11Октомври со капацитет од 170 литри/во секунда и ФПС Макошпед со капацитет од 180 литри/во секунда и одржување на
Атмосферскиот канализационен систем со должина L=319 км. со кои се одводнуваат атмосферските води од територијата на градот Скопје во природните реципиенти и отворени канали, за чие прифаќање изградени се 4 (четири) Атмосферски пумпни станици и тоа: АПС Булевар Војводина со капацитет од 90 литри/во секунда; АПС Бихачка со капацитет од 160 литри/во секунда; АПС Булевар Србија со капацитет од 120 литри/во секунда и АПС Шуто Оризари со капацитет од 420 литри/во секунда.
Одржување во исправна состојба на атмосферските и фекални пумпни станици и објекти , одржување на 48 894 ревизиони шахти кои служат за контрола и одржување на канализационата мрежа и 20 157 сливници кои служат за прифаќање на атмосферските води како и одржување на попивателни бунари, преливи, испусти, сифони под река Вардар и друго.
Врши интервенции со цистерни под притисок , вакум како и интервенции со рачен алат, чекреци, сајли и друго.Врши изведување на приклучоци и контрола на истите.
Секторо Канализација има направено Програма и Список на критични места на цела територија на Град Скопје, кои редовно и превентивно ги одржува и на кои посветуваме големо внимание, а доказ за тоа е однапред утврдениот список со точно одредени извршители и истиот постојано се надополнува во зависност од временските услови. Во Оперативната програма прецизно е утврдено извршувањето на дејноста во зимски услови и елементарни непогоди кога има можност од врнежи на поголеми количества на дожд и снег, а со тоа се зголемува и опасноста од можни поплави.
Со Секторот „ Канализација “ раководи раководител на Секторот, потоа хиреарсиски доаѓаат двајца заменици раководители на Секторот. Секторот е поделен на три одделенија: одделение за фекално и атмосферско одржување, одделение за технички работи и услуги и одделение за откривање на дефекти на канализациона мрежа. Одделението за фекално и атмосферско одржување е поделен на 4 (четири) региона со кои раководат четири раководители на регион. Во овие четири региона има вкупно 9 (девет) реони со реонски работоводители и 19 пунктови со груповодители на пункт, ВКВ водоинсталатер, Водоинсталатер и Водоинсталатер монтер III група. Одделението за технички работи и услуги го раководи раководител на одделение, а во него спаѓаат, работоводител во Сервис, секторски магационер и техничар по оператива. Со одделението за откривање на дефекти (самостоен работоводител и откривач на дефекти) раководи раководителот на оделение.
Одделението за фекално и атмосферско одржување е поделен на 4 (четири) региони. Во овие 4 (четири) региони има 9 реони со реонски работоводители и 19 пунктови со нивните груповодители и тоа:
1. Реон Центар – 2 пункта
2. Реон Карпош – 3 пункта
3. Реон Бутел I – 2 пункта
4. Реон Чаир – 2 пункта
5. Реон Гази Баба – 2 пункта
6. Реон Аеродром – 2 пункта
7. Реон Кисела Вода – 3 пункта
8. Реон Ѓорче Петров – 2 пункта
9. Шуто Оризари – 1 пункт