Со помош на канализациониот систем се одведуваат отпадните води од Градот Скопје со приградските населби, како комунални така и индустриски, со исклучок на индустрискиот комплекс Железарница и на Охис кои располагаат со сопствени канализациони системи и станици за пречистување на отпадните води. Посебна целина претставува и канализациониот систем од населбата Драчево која располага со сопствена пречистителна станица, а е во склопот на одржување и експлоатација на ЈП Водовод и канализација-Скопје. 
Вкупната канализациона мрежа заклучно со 2013 година изнесува 957 километри од кои изградени се 695 километри фекална канализациона мрежа и 262 километри атмосферска канализациона мрежа. Во канализациониот систем постојат 46 133 ревизиони шахти кои служат за контрола и одржување на канализационата и атмосферската мрежа и 17 566 сливници кои служат за прифаќање на атмосферските води. 
За прифаќање на отпадните води од домаќинствата, индустријата и другите претпријатија и јавни установи изградени се 9 (девет) Фекални пумпени станици и тоа: ФПС Maџари со капацитет од 550 литри/секунда; ФПС Старо Лисиче со капацитет од 180 литри/секунда; ФПС Макошпед со капацитет од 915 литри/секунда, ФПС Горно Лисиче со капацитет од 2400 литри/секунда; ФПС Долно Лисиче со капацитет од 60 литри/секунда; ФПС Драчево со капацитет од 444 литри/секунда; ФПС Инџиково со капацитет од 180 литри/секунда, ФПС Стопански двор со капацитет од 70 литри/секунда и ФПС 11 Октомври со капацитет од 170 литри/секунда
За прифаќање на атмосферските води од територијата на Град Скопје во природните реки и отворени канали изградени се 4 (четири) Атмосферски пумпени станици и тоа: АПС булевар Киро Глигоров со капацитет од 90 литри/ секунда; АПС Павел Шатев со капацитет од 160 литри/секунда; АПС булевар Србија со капацитет од 120 литри/секунда  и АПС Шуто Оризари со капацитет од 420 литри/во секунда. 
.